Prvá písomná zmienka o obci je z roku 1391. Spomína sa ako Cheke, neskôr sa premenovala na Chekey (1446), Cekowce (1773), Czekowce (1786), až do dnešnej podoby Čekovce; maďarsky Csákóc.
Obec Čekovce leží východne od mesta Krupina, v nadmorskej výške 397 m, v údolí, ktorým preteká Čekovský potok vlievajúci sa do riečky Krupinica. Pôvod obce je dosť nejasný. Vznik obce sa viaže k roku 1391, keď ako poddanská obec patrila medzi dvanásť obcí, ktoré boli majetkom bzovíckeho prepošstva. Preto sú počiatočné dejiny Čekoviec a Bzovíka spoločné. Aj pre túto obec boli najväčšou katastrofou Turci, neskôr povstalecké a cisárske vojská alebo rôzni lúpežníci, ktorí terorizovali obyvateľstvo. Od 17. storočia obec patrila semináru v Ostrihome.
Až do roku 1797 nie sú o Čekovciach žiadne archívne správy. Vie sa, že v roku 1887 až 1893 sa tu konali zememeračské práce.
Ďalšia písomná zmienka sa zachovala až z obdobia po I. svetovej vojne, z ktorej sa nevrátilo 28 občanov Čekoviec. Obec pokojne nažívala až do vypuknutia II. svetovej vojny. Vojnový konflikt zapríčinil smrť dvom čekovským občanom a pri bojoch o obec z 3. na 4. marca 1945 zahynuli trinásti rumunskí vojaci. V roku 1936 tu postavili pomník padlým v prvej svetovej vojne s textom: „K zvečneniu pamiatky padlým hrdinom vo svetovej válke 1914-1918 venuje obec Čekovce v l. Pána 1936“.
Medzi najdôležitejšie udalosti obce patrí založenie JRD 11. februára 1958, ktoré sa 20.1. 1971 zlúčilo s JRD na Bzovíku. Poľnohospodársky charakter obce symbolizuje aj erb, v ktorom je lemeš a tri klasy.
V roku 1715 mala obec Čekovce 39 domácností, v roku 1828 mala 68 domov a 412 obyvateľov. Zaoberali sa poľnohospodárstvom, pestovaním konope a ľanu, muži rezbárstvom.
Do národnej histórie sa obec Čekovce zapísala ako rodisko priekopníka pokroku v technických a prírodných vedách, paleontológa Jozefa V. Luňačeka, ktorý sa v Čekovciach narodil v roku 1844.
Vyučil sa za halenára. Asi v jeseni roku 1866 odišiel za učiteľa do Uňatína. Pravdepodobne na pozvanie Andreja Kmeťa roku 1873 prišiel učiť do Krnišova, kde bol v tom čase Kmeť farárom, čo výrazne ovplyvnilo jeho život. Začal sa zaujímať o geologické výskumy a ďalšie vzdelávanie. Po dvoch rokoch odišiel do Horných Strhár, odkiaľ sa musel v roku 1894 ako Slovák na nátlak tamojšieho maďarsky založeného evanjelického farára odsťahovať na Čabraď, kde bol pol roka organistom. V novembri roku 1894 píše Andrejovi Kmeťovi už zo Šášovského Podhradia. Tam pôsobil ako učiteľ do roku 1905 s prechodným pobytom v Močiari. V tom roku odišiel do penzie a odsťahoval sa do Krupiny. Zomrel 7. novembra 1911 v Krupine. V druhej polovici 20. storočia boli jeho pozostatky premiestnené na Národný cintorín do Martina.
V roku 1936 v obci Čekovce postavili pomník padlým v prvej svetovej vojne s textom: „K zvečneniu pamiatky padlým hrdinom vo svetovej válke 1914-1918 venuje obec Čekovce v r. Pána 1936“, ktorý sa nachádza pri rímsko-katolíckom kostole Ružencovej Panny Márie, ktorý bol postavený v roku 1925. V miestnom cintoríne stojí kríž, ktorý dala postaviť Čekovská obec v roku 1895.
